Mit Blick auf die künftigen Besucher, die anderen Generationen angehören werden, ist das Museum so attraktiv, variabel, multimedial und offen wie möglich zu gestalten. Die Ständige Ausstellung im Museum ist thematisch zu ordnen und so zu gestalten, dass durch alle Themenbereiche und an allen Stellen offenes Lernen und gedankliches Zusammenführen verschiedener multiperspektivisch angebotener Positionen ermöglicht wird: Die Multiperspektivität ist als ein tragendes Element der Darstellung einzusetzen. Das betrifft die Perspektiven von Sudetendeutschen, Tschechen oder Juden, von politisch Engagierten oder Uninteressierten, von Entscheidungsträgern und einfachen Leuten. Zu denken ist dabei an zentrale Themen wie das Münchner Abkommen oder die Beneš-Dekrete, ebenso wie an Themen des gelebten Alltags. Oft befriedigt ein „Kompromiss“ in der Darstellung keine Seite und gibt auch nicht die damals „reale“ Vielfalt wider. Die scheinbar „eindeutige Wirklichkeit“ war und ist vieldeutig und vielstimmig. Die Darstellung mehrerer Perspektiven gibt der sudetendeutschen Sichtweise einen klaren Platz, sie soll aber auch den Blick auf eine andere Seite ermöglichen und zum Nachdenken über Möglichkeiten und Grenzen des Zusammenlebens anregen. Denn nichts ist kennzeichnender für scheiterndes Zusammenleben als unterschiedliche Standorte, über die nicht mehr gesprochen wird. Die Multiperspektivität ist eine der Voraussetzungen dafür, dass das Museum seinen aufklärerischen Auftrag für das Verhältnis von Deutschen und Tschechen erfüllen kann.
Das Museum ist als Themenmuseum konzipiert. Die Grundinformationen über geschichtliche Abläufe sind aber in allen Bereichen des Museums und auch in einem entsprechenden Orientierungsraum abrufbar. Es sind sechs Themenbereiche vorgesehen:
1. Ohne Berührungsängste ist „Heimat“ auszustellen. Es ist wichtig, Heimat und die Erinnerung an Heimat zu thematisieren und sie als Frage von Kindheitssehnsucht und Erinnerung, von Wunsch und Traum, von Verlust und Wahrnehmung neu zu formulieren.
2. Die Problematisierung von „Grenzen“ bildet einen weiteren Schwerpunkt des Museums. Das sind sich wandelnde geografische Grenzen, politische Grenzen, Sprachgrenzen, religiös-konfessionelle Grenzen, Standesgrenzen, innere Grenzen. Zusammenleben ist ohne gewisse Grenzen nicht möglich; doch im Zuge des Nationalismus wurden Grenzen aufgerichtet, die vorher nicht bestanden oder die in dem Vielvölkerreich Österreich-Ungarn anders thematisiert wurden. Und durch Vertreibung und Neuanfang erhielt das Thema dann besondere Bedeutung. Nach 1989 wandelte sich dies erneut.
3. Ein weiteres Thema sind „Loyalitäten“. Die Selbstzuordnung oder Fremdzuordnung in Loyalitätszusammenhänge spielte eine zentrale Rolle in der Vorgeschichte der Vertreibung. Sie waren jedoch bereits in früheren Jahrhunderten Anlass für Kriege, Revolten und Auseinandersetzungen. Es ist zu zeigen, dass sich in diesem Musterland der deutsch-slawischen Kulturbegegnung eine bestimmte Kultur des Zusammenlebens entwickelte, die erst im 20. Jahrhundert zerbrach.
4. Migrationen spielten für die Böhmischen Länder durch die Jahrhunderte eine prägende Rolle. Solche „Bewegungen von Menschen im Raum“ sind für das Zusammenleben von großer Bedeutung: Zuwanderungen, Auswanderungen, Arbeitswanderungen veränderten die Weggehenden wie die zurückbleibende Gesellschaft. Rückwanderungen boten die Chance zu Wissenstransfer und Modernisierung. Zwangswanderungen gestalteten die Gesellschaft grundlegend um.
5. Ein wichtiges Thema ist der Bruch – die Grenzen des Zusammenlebens und die Vertreibung. Das 20. Jahrhundert brachte mit den politischen Wendepunkten von 1918/19, 1938/39 und letztlich 1945/46 den gravierendsten Bruch im Jahrhunderte währenden Zusammenleben von Deutschen und Tschechen in den Böhmischen Ländern. Dies ist in seinen Bedingungen und Folgen zu zeigen.
6. Hinzu kommt der „Austausch“: Der Austausch von Kultur und Kunst, Wissenschaft, Kenntnissen und Fertigkeiten, durchaus auch in Konkurrenz und Wettstreit, gehört zu den produktivsten und dynamischsten Elementen des Zusammenlebens verschiedener Gruppen.